Klaus Milke war bis 2019 Vorstandsvorsitzender von Germanwatch e. V. und ist seitdem Ehrenvorsitzender. Er ist zudem Gründungsstifter und Vorsitzender der Stiftung Zukunftsfähigkeit. Zu seinen inhaltlichen Arbeitsfeldern gehören unter anderem Themen wie Energie und Klima, Unternehmensverantwortung und Bildung für Nachhaltige Entwicklung in der Advocacy- und Kampagnenarbeit sowie der Stakeholder-based Science und Bewusstseinsbildung. Weiterhin hat Klaus Milke im Rahmen seiner Tätigkeit für Germanwatch das Sustainable Development Solution Network-Deutschland mit initiiert.
Klaus Milke ist Mitglied im Lenkungskreis der Wissenschaftsplattform Nachhaltigkeit 2030.